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APEC體制屬「論壇」性質，其日常運作係以「共識決」(Consensus)及「自願性」(Voluntary)為基礎，經由各成員間相互尊重及開放性的政策對話，達成尋求區域內共享經濟繁榮之目標。
近年來，APEC強調「經濟技術合作」(Economic and Technical Cooperation, ECOTECH)議題，盼透過具體之經濟技術合作計畫，縮短已開發及開發中經濟體間的發展差距。此舉，已成為APEC除「貿易與投資自由化」(Trade and Investment Liberalization)及「貿易與投資便捷化」(Trade and Investment Facilitation)任務以外的第三大支柱(Pillars)。
APEC 部長會議約於每年9月至11月間舉行，主要任務為決定APEC活動的大政方針，並討論區域內的重要經貿問題。部長會議下設有資深官員會議，為APEC運作的核心機制；出席該會議之代表，皆為各經濟體主管部會的次長級或司長級官員，主要任務在執行部長級會議的決議，並建立工作程序及監督協調APEC各級論壇之工作。
資深官員會議設有資深官員會議設有4個委員會(Committees)，分別為「貿易暨投資委員會」(Committee on Trade and Investment, CTI)、「預算暨管理委員會」(Budget and Management Committee, BMC)、「經濟委員會」(Economic Committee, EC)及「經濟暨技術合作指導委員會」(SOM Steering Committee on ECOTECH, SCE)；CTI下設有6個工作小組(Working groups)、2個次級委員會(Sub-committees)，及1個產業對話(Industry Dialogue)；EC下設有1個工作小組；SCE下設有14個工作小組。此外，資深官員層級下設有2個政策夥伴(Policy Partnerships)。負責推動貿易暨投資自由化與便捷化、經濟技術合作、性別整合、電子商務、人力資源發展、能源、工業科技、運輸、海洋資源保育、電信暨資訊、觀光、漁業、農業，及中小企業等領域的合作。此外，倘各工作小組在推動實務工作上認為有提高協調層次之必要，亦可召開各專業部長會議。
另自1993年起，APEC主辦成員皆在部長級年會之後召開APEC經濟領袖會議；會中均採納部長級年會通過的重大決議，經由發佈領袖宣言的方式，揭示APEC未來發展的政策方向。
自1995年起，APEC亦設立APEC企業諮詢委員會(APEC Business Advisory Council, ABAC)，由各經濟體遴派大、中、小型企業代表組成，直接將民間部門的意見提交APEC各經濟體之領袖們參考。
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