亞太經濟合作(APEC) 研究中心的構想，發軔於美國總統柯林頓於 1993 年西雅圖舉行的 APEC 首屆經濟領袖會議中提出的倡議。翌年 11 月茂物宣言 (Bogor Declaration) 正式聲明設立此一機構的重要性，並揭示其首要任務為從獨立、長期性觀點出發，進行跨學科的政策研究，以協助 APEC 的進展。此後各經濟體即陸續成立 APEC 研究中心。
我國自 1995 年起即積極推動 APEC 研究中心的設立。經多方研商，行政院院會於 1997 年 7 月 18 日通過「亞太經濟合作 (APEC) 研究中心設置要點」，正式設立國家級 APEC 研究中心，中心業務委由台灣經濟研究院辦理，以整合我國對 APEC 相關議題之研究、教學、訓練及宣導等活動。
APEC 研究中心歷任執行長及副執行長
| 執行長 | |
| 吳榮義 | 1997 ~ 2005 |
| 洪德生 | 2005 ~ 2011 |
| 詹滿容 | 2011 ~ 2013 |
| 洪德生 | 2013 ~ 2015 |
| 林建甫 | 2015 ~ 2022 |
| 張建一 | 2015 ~ 2022 |
| 副執行長 | |
| 江啟臣 | 2003 ~ 2009 |
| 周子欽 | 2013 ~ 2018 |
| 陳威仲 | 2018 ~ 2019 |
| 周子欽 | 2019 ~ 2020 |
| 鍾錦墀 | 2020 ~ 迄今 |
本中心youtube頻道：https://www.youtube.com/@apec1685